Sous la direction de son/sa président(e), le travail de la Commission est mené par un groupe de 27 commissaires dénommé le « collège ». Ensemble, ils décident de l’orientation politique et stratégique de la Commission.
La Commission est organisée en services appelés « directions générales » (DG), qui sont responsables de différents domaines d’action. Les DG élaborent, mettent en œuvre et gèrent les politiques, la législation et les programmes de financement de l’UE. Il existe également d’autres services chargés de questions administratives spécifiques. Les agences exécutives gèrent les programmes mis en place par la Commission.
La fonction publique de la Commission jouit d’une tradition qui remonte à plus de 60 ans. Actuellement, environ 32 000 personnes occupent des postes permanents ou temporaires à la Commission. Il s’agit entre autres de gestionnaires de politiques, de chercheurs, de juristes et de traducteurs.
